De EGTS gaat voor haar werking in interactie met inwoners en met alle leden van haar organisatie. Rond de tafel zitten vertegenwoordigers van alle politieke niveaus: lokaal, provinciaal, bovenlokaal, regionaal en nationaal. Door overleg met alle overheden over thema’s die leven aan beide zijden van de grens, kan de EGTS concrete resultaten neerzetten.

Frankrijk en België zijn op paritaire manier vertegenwoordigd in de structuren van de EGTS. Alle communicatie verloopt in twee talen: het Frans en het Nederlands. Evenveel Belgen als Fransen zitten rond de bestuurstafel, de financiële middelen komen voor de ene helft van de Belgische partners, voor de andere helft van de Franse partners.

De EGTS kan rekenen op een co-voorzitterschap met een Franse en een Belgische co-voorzitter. Verder bestaat het team van de EGTS uit een directeur, twee assistenten en een communicatiemedewerker.

Alle partners zijn vertegenwoordigd in het Technisch Comité. Dat komt maandelijks samen en zorgt voor de dagelijkse werking.

De werkgroepen staan in voor de thematische activiteiten en projecten van de EGTS. De partners leveren per werkgroep een Vlaamse en Franse coördinator, die expert is ter zake. Elke werkgroep heeft ook een Vlaamse en Franse peter of meter. Zij zetelen in de Algemene Vergadering van de EGTS.