Dans son fonctionnement, le GECT entre en interaction avec les habitants et avec tous ses membres. Autour de la table se trouvent des représentants de tous les niveaux politiques: local, provincial, supra-local, régional et national. En consultation avec toutes les autorités publiques sur les questions qui se posent de part et d’autre de la frontière, le GECT obtient des résultats concrets.

La France et la Belgique sont représentés de façon paritaire dans les structures du GECT. Toute la communication a lieu dans les deux langues: le français et le néerlandais. Autant de Belges et de Français sont assis autour de la table de l'Assemblée et du Bureau. Les ressources financières proviennent pour la moitié des partenaires belges, pour l’autre moitié des partenaires français.

Le GECT est doté d’une co-présidence avec un co-président belge et un co-président français.  L’équipe du GECT est composé d'une directrice, deux assistants et d'une responsable de communication.

Tous les partenaires sont représentés au sein du ‘comité technique’. Ils se réunisssent mensuellement et assurent le fonctionnement au quotidien du GECT.

Les groupes de travail mettent en oeuvre les activités et les projets thématiques du GECT. Chaque groupe de travail a un coordinateur français et belge, issu des partenaires, qui dispose de l’expertise nécessaire dans chaque domaine. Il y a également un ‘parrain ou marraine’ français et belge dans chaque groupe de travail, administrateurs du GECT.